C’est une particularité de ce centre de ne pas disposer d’équipe de recherche permanente. Ici, ce sont des chercheurs et des étudiants venus de toute l’Europe qui collaborent pour comprendre les mécanismes du développement de la ville celtique et discerner son organisation. Un chantier original est toutefois piloté en direct par les archéologues de Bibracte : le chantier école qui forme chaque été des adolescents à la démarche archéologique, en conditions réelles.

Le programme de recherche est rythmé en cycles quadriennaux. Les projets quadriennaux sont validés par le conseil scientifique de Bibracte, constitué de huit experts européens, avant d’être soumis à l’instruction des services de l’Etat.

Bibracte assure le soutien logistique, l’intendance et la coordination scientifique des recherches. Le centre est d’ailleurs doté d’équipements performants, qui accompagnent toutes les étapes de la recherche : matériel de chantier, laboratoires, centre de documentation, espaces de conservation, chaîne éditoriale…

Le centre est aussi le siège de rencontres scientifiques, un lieu de formation incontournable pour les étudiants et chercheurs, ainsi qu’un formidable laboratoire d’expérimentation au service de la communauté archéologique et des professionnels du patrimoine. Depuis 2012, il héberge aussi le Centre de conservation et d’études du Service régional de l’archéologie Bourgogne-Franche-Comté, ainsi que les antennes de plusieurs opérateurs en archéologie préventive.